Hola,
usando el veem backup no tendrás problemas con la consistencia de datos de tus bases de datos MS SQL Server, ya que usa el VSS, para realizar backups consistentes a nivel de la base de datos.
Por tanto, puedes usar sin problemas el veeam para realizar replicas de la máquina virtual.
Como método adicional por seguridad, puedes realizar backups de las bases de datos, programando jobs para que se guarden en local o usando algún cliente de backup que soporte el backup de bases de datos MS SQL Server.
Un saludo,
Pablo